水草疾病的发生机制不外乎营养不良、环境不适、机械损伤以及生物性破坏。
一、营养不良植物必须要从周围环境中吸收营养物质供其生长和代谢。
只有当所有的营养元素比例适当时，水草才能健康快速地生长。如果某种元素严重不足或是积累过量，都会使水草表现出病理反应。
常见的营养不良症有：
1、缺铁症：新叶发黄，严重时会发白，叶面组织呈透明状；
2、缺镁症：叶绿素合成受阻，叶脉仍绿但叶脉之间变黄，严重时形成褐斑坏死；
3、缺钾症：首先发生在水草的老叶上，叶片变黄，逐渐坏死，新叶叶缘焦枯，生长缓慢而叶片中部生长较快，整个叶片形成杯状弯卷或皱缩起来；
4、缺锰症：只在叶面上出现萎黄化，而叶脉仍保持绿色，呈典型的“圣诞树”状，常是由于铁肥过多，抑制了锰肥的吸收，而造成锰肥的缺乏；
5、缺磷症：由于磷直接参与糖代谢，所以缺磷时，植株幼芽和根部生长缓慢，叶小，植株也特别矮小，叶片浓绿，严重时某些植物的叶子呈红紫色，这是由于缺磷阻碍了糖运输，叶片积累了大量糖分，有利于花青素的合成。
防治缺素症比较简便的方法是在水族箱设立伊始，加入基肥，以后定期加入根肥（锭肥），平时配合换水加入少量液肥。这样，既可以防止一些大量元素的累积，又可以及时补充微量元素，保证水草的健康生长。
二、环境不适与水草生长有关的环境因子主要是温度、光照、水质。
1、低温伤害：除了极端低温会直接威胁水草的生命外，通常当温度低于水草适温范围时，如20℃左右，大多数水草会表现出代谢降低，生长停滞。叶片上会有褐藻附着。温度继续降低，水草会局部或全部坏死，导致根、茎、叶的腐烂症状。
2、高温伤害：水温高于水草的适温范围，水草会表现出茎叶皱缩、扭曲，不正常的拉高现象，叶片黄化，茎叶腐烂，乃至除新芽外的老叶全部脱落。典型的例子如青荷根置于高于26℃水温中，叶片会出现烂斑，逐渐扩大直至整片叶子、整个植株全部烂掉。
3、药伤：为了给鱼治病或除藻，施药过量，造成水草的畸形生长，烂根、烂叶乃至全部坏死。所以建议水草缸中尽量不施化学药品，以免伤及无辜。
4、光照不足：一般红色素水草需要较强的光照，在光照不足的情况下，有些种类就会表现出严重的不适，甚至生长停滞，如红柳，光照不足时原来靓丽的红色叶片会变黑，然后脱落，所以当红色系列的水草无法展现出它们漂亮的红色时，首先应该考虑到是否要加强光照。
5、硬度不适：有些热带水草喜欢非常软的水，而北方的水一般都比较硬，使水草难以适应，很快就会枯萎、死亡，如红蝴蝶，但是这些草又特别漂亮，令人难舍，只好调整水质了。
可行的方法：①加入适量的去离子水以降低硬度；②加入软化剂，如磷酸二氢钾；③大量通入二氧化碳。
三、机械损伤常是在运输途中造成的。
由于挤压、揉搓、风干造成损伤，再由细菌继发性感染，造成叶片腐烂。所以在运输中应采取必要的保护措施。
四、生物性损伤
（1）鱼、虾、螺啃伤，如果它们与水草难以共存，只有择其一了；
（2）细菌性腐烂，水族箱中传染性水草疾病并不多见，当水草严重不适或受伤感染，叶片腐烂，只要将烂叶清除，配合换水即可。
常见藻类的防治每个水族箱都会或多或少受到藻类的困扰。而环境条件不佳，抑制了水草生长，藻类就会泛滥成灾了。
常见的有以下几种：
1、褐藻或硅藻新造水族箱开始运做的几天之后，我们就可能会发现一些褐色的斑点出现在玻璃的表面，继而会覆在石头上，甚至叶片上，使本来翠绿的水草变得锈黄，这就是硅藻。它就是所谓的先锋藻类，是在水族箱建立之后的最初阶段的常见藻类。虽然它很容易擦除干净，但是会很快卷土重来。究其原因，首先是光照弱，适宜硅藻的繁殖，其次是温度低或是严重缺肥，抑制了水草的生长，所以及时调整好光照强度、温度及营养盐浓度，使水草能正常生长，这种硅藻就会自动消失了。
2、绿藻正常运转的水族箱中，水草也长势良好情况下，也会出现丝状的绿藻。它们通常是清澈的绿色，或是亮绿色，有时它们也会呈海绵网状。而它们对环境条件的需求与水草相似，所以出现这种藻类也不必惊慌，它显示水族箱中的水质状况良好，只要动手或用适当工具就可以很轻易地将其移走。若是已经附着在叶片上或是石头上，要清除它会有些困难。比较有效的办法是在水族箱中放入几条黑壳虾、黑玛丽或青苔鼠，不给它们喂鱼饵，它们就会将这些绿藻吃干净。
3、蓝绿藻这种藻类可能会出现在刚设置的水族箱中，整个系统尚未调整好，水草迟迟不露生机的状态下，它们会乘虚而入。我们可以从水草基部、底砂上、沉木上覆盖的蓝绿色粘膜状来辨认出它们，如果取出它们会闻到一股明显的刺鼻的味道。
