在综合养鱼系统里要想利用沼气能源和沼气发酵肥料养鱼，首先要建设沼气发生池，通常可建成6-10立方米容积的沼气池。6立方米容积的发酵池所产生的沼气就可供5口之家煮饭和照明用。这种发酵主池为椭圆形，长轴3米，短轴2米，平均深度1.25米。上面安装密封预制板，厚6厘米。一端设有一个50厘米×50厘米的进料口，另一端为70厘米×70厘米的出料口。在出料口设置一块活动挡气板，在过墙板上安装1根导气管。建造一个10立方米容积的庭院式沼气池，生活和生产能源也足够使用了。这种规格沼气池第一次进料3000千克左右。在正常产气1个月以后，每隔5天左右可出肥水1000千克。出肥水以后要回进等量的水，同时加料。10立方米沼气池所需的猪粪料，饲养2-3头猪足够了。大致可年产沼气2000-3000立方米，另沼渣10立方米。
下面介绍4种适合综合养鱼场使用的常见沼气发酵配料。
人粪20%，猪粪尿30%，水50%。
人粪10%，猪粪、牛粪等畜禽粪肥30%，绿肥和稻草10%，水50%。
人粪10%，猪粪等畜禽粪肥10%，水草30%，水50%。
尿20%，人粪30%，水50%。
综合养鱼系统利用动物粪肥、绿肥等发酵产生沼气，实际上是更有效地利用猪、牛等畜禽粪肥养鱼的一种扩大的良性物质循环生产技术。
