这两种过滤方式是一种相辅相成的关系，二者不可缺其一，其最终的目的都是为了保持水质良好。
物理过滤是滤除水中肉眼可见异物的过程，包括：鱼便、残饵等各种有机物颗粒、以及纤维、尘埃、滤材脱落的粉末等各种颗粒，物理过滤的效果越好过滤后残留的杂质越少，生化过滤的压力就越小。加强造流可以有效提高物理过滤的效率，造流的主要目的是把鱼便、残饵吹到水泵附近被过滤系统抽走，造流可以使用造浪泵、潜水泵、造流蛇管等，如果使用滤桶那么滤桶的出水口也是不错的选择。
生化过滤是通过水循环利用微生物的生化反应来消除水中肉眼看不见的有害物质的过程，生化过滤依靠硝化系统所培养的硝化菌对有毒物质（主要是氨和亚硝酸盐）进行氧化分解并最终将其转化为毒性很小的硝酸盐的过程（硝酸盐可以通过换水稀释）。
