科学合理使用消毒剂和抗菌药物有多个好处：
一是用药次数少，减少了环境变化和药物对鱼体的刺激，有效降低鱼病的发生率；
二是药物选用准确，能够及时准确地治疗疾病，避免浪费药物和耽误治疗；
三是用药量准确，不浪费药物，水环境破坏小，鱼的品质也好。
但目前，不少养殖户在使用消毒剂和抗菌药物时的一些做法，看似有道理，实际上却是错误的用法。
错误1：认为定期使用抗菌药以及大量频繁使用消毒剂能够预防疾病。
定期使用抗菌药物，造成鱼体肠道内细菌的耐药性不断加强，一旦耐药性菌在鱼体免疫力降低时，进入血液和其它内脏器官，再使用抗菌药物时，将无法杀死耐药性的致病菌。例如：2013年4月1日，通州区管头一家养殖场养殖的七彩神仙发病，使用任何药物都不见效，送至市水产技术推广站实验室后，从病鱼的肝、脾等内脏器官上分离到大量形态一致的菌落，鉴定后确诊为弗氏柠檬酸杆菌引起的细菌病。耐药性检测该菌对所有测试的抗菌药物完全耐受。经询问，养殖者长期定期给鱼使用抗菌药物。
在鱼没有发病时，大量频繁使用消毒剂，杀死水体中的正常菌群，破坏水体环境。环境改变造成鱼的应激，免疫力下降，更易患病。药物本身也会对鱼产生刺激。
错误2：不重视对病原诊断，一旦发病，乱用药物。
有些养殖者一旦发现鱼类出现死亡，往往不做病原诊断和药敏试验，凭借个人经验随意用药。有些养殖者在显微镜下发现少数几个寄生虫时，就认为是寄生虫病，需要杀虫。同时主观认为虫体对鱼造成伤口，鱼也感染有细菌病，杀完虫后再杀菌。这些做法通常导致用药无效，治疗失败，既耽误治疗，又浪费药物。近两年，北京市水产技术推广站鱼病室收到很多养殖者送来的病鱼，都是养殖者自己用药一周至一个月不见效果后前来检测的。经检测发现，有些不是细菌病，却用了相关的药物。如朝阳区的一家渔场，建议停药后，2-3天鱼的死亡率就降下来了。有些是细菌病，分离到的致病菌已对两种以上的抗菌药产生了耐药性，经推荐使用敏感抗菌药，3-5天鱼即停止死亡。有些是重大疾病，目前使用的药物根本无法治疗，建议隔离、消毒和加长增氧机时间，降低了养殖户的损失。
错误3：不了解病原的耐药性，乱用和加大剂量使用药物。
主要表现在治疗时不进行病原菌药物敏感性试验，不了解病原的敏感药物和敏感浓度，加大药物的使用剂量。例如，如果正常使用氟苯尼考治疗鱼类细菌病，每千克鱼用10毫克就有用，但用到20毫克，肯定会加强病原菌的耐药性，下次用氟苯尼考若低于20毫克就起不到治疗效果，需要再加量，久而久之，这种药就不再管用了。还有养殖者在治疗鱼病时频繁更换药物种类，即今天用了一种药不见效，后天就改用另外一种药，过两天不见效，就再更换药物。其实，任何药物在治疗疾病时，其作用都需要一定的时间。频繁地更换药物，只能造成药物浪费，耽误治疗时机，并可能造成药物拮抗，治疗效果更差。
2014年5月-9月，经对顺义大孙各庄镇三家渔场进行病原菌分离、鉴定，检测病原菌的药物敏感性、敏感浓度。发现三家渔场流行的病原菌主要是温和气单胞菌、嗜水气单胞菌和柱状黄杆菌，敏感药物为盐酸多西环素、氟苯尼考和恩诺沙星，但不同药物的敏感浓度不同，并且随着使用的药物种类和时间不断变化。北京市水产技术推广站的技术人员依据检测结果及时指导养殖户用药，取得了极好的效果。
错误4：贪图便宜药物，不重视药物质量。
由于鱼药新品种不断投放市场，再加上一些非药品，使鱼药市场鱼龙混杂，价格也高低不一，同时，质量也优劣不同。一些养殖者通常选择价格便宜的药品，而忽略了药品的质量。2014年，北京市水产技术推广站对市场上销售的8家公司的二氧化氯消毒剂进行效果评价，显示4家产品只能消毒水体50%以上的细菌，其中仅1家产品可消毒水体90%以上的细菌。在抗菌效果方面，市场销售的11种抗菌药物，只有5种产品抑菌药物含量合格，5种产品抑菌药物含量相当于有标注的10%-50%，1种产品没有任何抑菌效果。因此，养鱼户在选择消毒剂和抗菌药时要慎重。
