亚甲基蓝，发亮深绿色结晶或细小深褐色粉末，带青铜光泽，无气味，在空气中稳定，溶解在水中与蓝墨水很相似，但两个物质是不一样的（纯蓝和蓝黑墨水主要物质是弱酸性染料甲基蓝）。亚甲基蓝的应用非常广泛，常见的用途如下：
1)次甲基蓝可用于染色;
2)优等品次甲基蓝可用于杀菌、消毒;
3)工业级次甲基蓝用于棉、腈纶、麻、蚕丝、纸张染色，也用于竹木的着色和用来制造墨水（红墨水）、色淀;
4)分析纯次甲基蓝用作化学试剂中的氧化还原指示剂、吸附指示剂和生物染色剂，如汞、锡、硼等多种金属的测定，血清蛋白检验用混合指示剂，脱落细胞检验染色液，碱性美蓝染色液。
5)分析纯次甲基蓝用作测定汞、锡。还原滴定剂，用以沉淀高氯酸盐和铼酸盐。催化光度测定硒和钼。
6)解毒药物，可用于亚硝酸盐、磺氨类、氰化物及一氧化碳等中毒的解毒药。
7)次甲基蓝用于新材料开发。
8)细菌染色剂
今天想说的是亚甲基蓝在水产上的用途。水产养殖者用它来替代孔雀石绿，消毒杀菌；在繁殖场常用来洗涤鱼卵，防治水霉；对小瓜虫病、斜管虫病、红嘴病、等鱼病都有效；也可用在水产品运输过程中。其作用机理是溶解在水溶液中的子型的亚甲基蓝与微生物酶系统竞争氢离子，使酶处于无活性的氧化状态，微生物因缺乏酶而失去生存能力。
因为亚甲基蓝的高效、廉价，在水产上使用很频繁，因此很多研究者也开始研究它的安全问题。
在水丝蚓（红线虫）的急性毒性中，亚甲基蓝达到一定浓度时，稍有增加就会引其大量死亡，在治疗南美白对虾不同发育阶段的链壶菌病时，亚甲基蓝只有在其感染不严重时才有效；严重感染时，中等浓度一次也不能有效杀灭，多次中等浓度或高浓度使用又会造成南美白对虾蚤状幼体死亡。这些结果表明，亚甲基蓝还是有毒副作用的。虽然在国家发布的禁用渔药清单上，没有将亚甲基蓝列为禁用渔药，但是它自身结构中确实含有与孔雀石绿一样的高残留的三苯甲烷结构，一旦残留在食品中被人食用，同样会导致畸形的发生。在日本与美国，亚甲基蓝是不允许用于水产养殖的。
进出口贸易水产品亚甲基蓝药残检测中，高效液相色谱法检出限为2ug/kg，液质联用法检出限为1.0ug/Kg，这就要求我们要慎用亚甲基蓝，使用的浓度必须在一个合适的范围内，且要严格执行休药期。但是我们在实际成产中是很难掌握用药浓度的，特别是在水霉发生阶段，亚甲基蓝的使用浓度和次数都是超标的；含有高浓度亚甲基蓝的养殖废水大都是直接排放入外界环境，这又会使外界水体环境受到污染，生态环境遭到破坏。
现在市面上已经有很多新药物是可以用来防治水霉的，且效果很不错，如水霉净、水霉克星等。因此，建议大家可以在观赏鱼上使用，而水产养殖上能不用就不用；能少用就不多用；使用时必须是药用级亚甲基蓝，用了就要严格休药期；用后的水体不乱排，集中处理后再排。
